История фильма является приквелом к компьютерной игре Assassin's Creed II. Сюжет фильма сфокусирован на отце центрального персонажа Assassin's Creed II, Джиованни Аудиторе ди Фирензе (Giovanni Auditore de Firenze).
Джиованни - ассасин, живущий во время Ренессанса в XV веке в Италии. На заре новой эры, одна коррумпированная семья готовит заговор с целью свержения могущественной семьи Медичи и уничтожении единой Италии. Как убийца, Джиованни должен противостоять этой угрозе и восстановить справедливость. Сюжет фильма представляет ситуацию до событий Assassin's Creed II, но показывает врагов и окружение как главного героя фильма, так и его сына (главного героя Assassin's Creed II).