В конце игры когда Дезмонд взял яблоко в руки и активировал его. Минерва сказала: "Что он с собой сможет взять только одну спутницу, но она её не видит, потому что её заслоняет крест(как мы все знаем символ тамплиеров это крет)". В итоге Дезмонд под влиянием яблока убивает Люси. Отсюда можно предположить что она тамплиер. Также после общения с объектом 16, мы узнаем что она тамплиер(хотя это весьма сложно, потому что он говорит загадками). Насчет следов, я читал на форуме что это якобы кровь Эцио, которая пролилась при наподени на Виллу. Но это ошибочное мнение, потому что когда мы первый раз приезжаем на Виллу их там нет, а появляются они после того как мы первый раз выйдем на улицу. Можно предположить что это следы врагов(тамплиеров), и это Люси. Доказывает это то что только она покидала Виллу. А все остальные были с Дезмондом
P.S. Это мое мнение и возможно она ошибочное или нет:)